Собранные следственными органами Следственного комитета Российской Федерации по Иркутской области доказательства признаны судом достаточными для вынесения приговора бывшему заместителю директора ФГБУ «Прибайкальский национальный парк». Он признан виновным в совершении преступления, предусмотренного ч. 3 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное лицом с использованием своего служебного положения в крупном размере).

Следствием и судом установлено, что в декабре 2013 года между ФГБУ «Прибайкальский национальный парк» и ЗАО «БайкалГАЗсервис» заключены 4 договора на поставку 10 автомобилей УАЗ и дополнительного оборудования к ним на общую сумму свыше 8 000 000 рублей. При этом обвиняемым, с целью хищения бюджетных средств, в нарушение действующего законодательства Российской Федерации, перед директором ЗАО «БайкалГАЗсервис» поставлено условие о приобретении организацией дополнительного оборудования у выбранного им заранее поставщика – ООО «Бриз» на сумму свыше 2 000 000 рублей. В дальнейшем руководство ФГБУ «Прибайкальский национальный парк», введенное в заблуждение злоумышленником относительно фактической поставки дополнительного оборудования к автомобилям, исполняя условия договоров, перечислило ЗАО «БайкалГАЗсервис» денежные средства в размере свыше 8 000 000 рублей, из которых более 2 000 000 рублей,  поступило на счет ООО «Бриз». Директор ООО «Бриз» передала 2 000 000 рублей обвиняемому, который часть из полученных денежных средств потратил на приобретение дополнительного оборудования, а оставшиеся деньги в сумме свыше 900 000 рублей присвоил себе и распорядился ими по своему усмотрению, причинив крупный ущерб бюджету Российской Федерации.   

За период расследования уголовного дела следователями СКР совместно с сотрудниками полиции ГУ МВД России по Иркутской области проведено ряд выемок в указанных организациях, в ходе которых обнаружена и изъята документация, содержащая сведения о преступных действиях заместителя директора ФГБУ. 

Приговором Октябрьского районного суда г. Иркутска Шарапов Е. признан виновным и ему назначено наказание в виде 2 лет лишения свободы условно с испытательным сроком 3 года, а также штраф в сумме 20 000 рублей.

В июне 2014 года приговором суда заместитель директора ФГБУ «Государственный заповедник «Байкало-Ленский» А. Мезенцев был осужден к 8 годам лишения свободы условно. 

В августе 2015 года вступил в законную силу приговор суда в отношении бывшего директора ФГБУ «Государственный заповедник «Байкало-Ленский» А. Рассолова, которому назначено наказание в виде 10 лет лишения свободы с отбыванием в колонии строгого режима, с лишением права занимать определенные должности на срок до двух лет, а также в виде штрафа в размере 80 миллионов рублей.

В соответствии с приказом Минприроды России от 18.07.2013 года № 251 в результате слияния ФГБУ «Государственный природный заповедник «Байкало-Ленский» и ФГБУ «Прибайкальский национальный парк» образовано ФГБУ «Объединенная дирекция государственного природного заповедника «Байкало-Ленский» и Прибайкальского национального парка».